病院では問診や触診に加えレントゲンや必要に応じてMRIなどの検査が行えます。一方整骨院は医療機関ではないため、上記検査は一切行えず、診断をつけることもそもそもできません。そのため診断書や後遺症診断書を記載することはできません。

病院での治療は投薬に加えリハビリや必要によってはハイドロリリースなどの手技が中心になります。湿布などの処方も可能です。整骨院ではシンプルなマッサージのみになる場合が多く、症状によっては悪化することすらあります。
特に初期の治療においては投薬が非常に有効であることが多いため、まず病院受診が適切と考えます。

病院は医療機関であり、医師が診断を行うため診断書をはじめ様々な公的書類を作成することが可能です。また保険会社からの信頼も高く、問題となることは稀です。
整骨院ではこれらの書類を記載することは出来ず、整骨院に通院をした後で病院で診断書のみを希望されても断られることが多いです。
 
適切な書類を作成してしっかりと補償してもらうためにも病院受診が無難です。
 

保険会社も適正な対応を望むため、公的機関である病院での治療と意見書に対しては問題が起きることが少ないです。
逆に整骨院に関しては一部の不正も多かったため、保険会社から嫌がられることも多いです。
いざ施術をしても保険会社が認めてくれないため整骨院から患者さんに一時負担を要求することもあります。